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琼脂、卡拉胶是海藻的提取物，应用有所不同
琼脂由琼脂糖和琼脂果胶（Agaropectin）两部分组成 ，作为胶凝剂的琼脂糖是不含硫酸酯（盐）的非离子型多糖 ，是形成凝胶的组分，其大分子链链节在1，3苷键交替地相连的β-D-吡喃半乳糖残基和3, 6-α-L-吡喃半乳糖残基 。而琼脂果胶是非凝胶部分 ，是带有硫酸酯（盐） 、葡萄糖醛酸和丙酮酸醛的复杂多糖 ，也是商业提取中力图去掉的部分 。在工业上的琼脂色泽由白到微黄，具有胶质感 ，无气味或有轻微的特征性气味 ，琼脂不溶于冷水，易溶于沸水 ，缓溶于热水。
至于琼脂的用途 ，首先，琼脂是无营养的 ，也就是说一般生物 ，即使是微生物也不分解它（虽然琼脂属于糖） 。因此，常用作为生物培养基 ，或者一些药物载体 。另外 ，食品工业上应用更广，作增稠剂 、凝固剂，琼脂在90度左右融化 ，40度左右凝结为固体 ，常吃的果冻、凉粉里都有添加，可以说无害。还可用悬浮剂 、乳化剂 、稳定剂、保鲜剂。广泛用于制造粒粒橙及各种饮料、果冻 、冰淇淋 、糕点、软糖 、罐头 、肉制品、八宝粥 、银耳燕窝 、羹类食品、凉拌食品 。
卡拉胶也就是角叉菜胶 ，半乳糖及脱水半乳糖所形成的多糖类硫酸酯盐和3.6—脱水半乳糖直链聚合物所组成 。粉末状卡拉胶稳定 ，即是加热也不会发生水解。卡拉胶有良好的乳蛋白反应能力，可防止因加入CMC后乳清分离的现象 。火腿肠肉糜制品方面的用途：使用本品后可以使产品弹性好 ，切片性好 ，韧脆适中，嫩滑爽口 。在冷饮食品方面的用途：卡拉胶有良好的乳蛋白反应能力 ，可防止因加入CMC后乳清分离的想象。在软糖食品方面的用途：卡拉胶软糖透明度好 ，色泽鲜艳 、均匀 、光滑、粘性小 、爽脆利口 。在乳类食品方面的用途：卡拉胶能使牛奶产生凝冻作用，起凝冻赋型作用 。在可可奶 、可可麦乳精和可可糖果浆中起悬浮和稳定作用。在酸牛奶、软干酪和奶油中 ，可稳定乳状混合物 ，诱发胶凝的形成 。在白酒和啤酒方面的用途：可作为澄清剂，也可以作为泡沫稳定剂 。在人造蛋白质纤维和人造肉方面的用途：在配料过程中加入卡拉胶和海藻酸钠，蛋白质不需经过老化过程 ，浓度低的或没经过纯化的蛋白质溶液也同样可以用于纺丝 ，而且还能改进纺丝的强度和吸水性。人造蛋白纤维进一步制造人造肉时，还可用卡拉胶作粘合剂 。
制作染色剂是琼脂粉还是琼脂糖
琼脂、琼脂糖因为有特殊的胶凝性质 ，尤其有显著的稳固性 、滞度和滞后性 ，并且易吸收水分，有特殊的稳定效应；已经广泛使用于食用 、医药、化工 、纺织 、国防等领域 ，据不完全统计 ，琼脂、琼脂糖的用途已有1000多种，被国际上称为“新奇的东亚产品 ” 。在食品工业中可用于生产：水晶软糖 、定型软糖 、水产品、肉类罐头 、果汁饮料 、果肉饮料、米酒饮料 、乳品饮料 、精品、乳品蛋糕。
由于其良好的生物相容性又广泛用于生物分离介质的生产。
简单地说 ，把琼脂中的琼脂果胶去掉 ，剩下的部分，就是琼脂糖 。
琼脂粉
琼脂粉是由琼脂糖（agarose）和琼脂果胶（agaropectin）组成的 。琼脂粉不溶于冷水 ，易溶于沸水 ，缓溶于热水。琼脂粉默认使用PH为中性，一般为7左右，PH小于4则无法凝结 。
琼脂糖是线性的多聚物 ，基本结构是1,3连结的β-D-半乳呋喃糖和1,4连结的3,6-脱水α-L-半乳呋喃糖 。琼脂果胶是由许多更小的分子组成的异质混合物。它们的结构相似 ，但带硫酸根和羧基组分，凝胶能力差 。简单地说 ，把琼脂中的琼脂果胶去掉 ，剩下的部分，就是琼脂糖 。
在工业上的琼脂色泽由白到微黄 ，具有胶质感 ，无气味或有轻微的特征性气味，琼脂不溶于冷水 ，易溶于沸水 ，缓溶于热水。
琼脂糖在水中一般加热到90℃以上溶解，温度下降到35-40℃时形成良好的半固体状的凝胶 ，这是它具有多种用途的主要特征和基础 。琼脂糖凝胶性能通常用凝胶强度表示 。强度越高 ，凝胶性能越好。质量较好的琼脂糖强度通常在1200克/cm2以上（1%胶浓度） 。琼脂糖的凝胶性是由存在的氢键所致，凡是能破坏氢键的因素都能导致凝胶性的破坏 。琼脂糖具有亲水性，并几乎完全不存在带电基团 ，对敏感的生物大分子极少引起变性和吸附 ，是理想的惰性载体。
在琼脂糖制备过程中需要把琼脂果胶尽量去除，否则琼脂糖有可能存在极微量硫酸根和丙酮酸取代电离基团 ，就会造成电内渗（EEO） ，电内渗对质点的移动产生影响。质量较好的琼脂糖硫酸根含量比较低，通常在0.2%以下 ，电内渗比较小 ，通常在0.13以下 。所以价格来说，琼脂糖要比琼脂贵了很多 。
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